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APA分析TAPIS

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【提示】本文写作命令为：abysw blog APA分析TAPIS

总的来说，注释大概分如下这些部分，这只是个糙版，很久之后可能会更新。

有的过程很简单，就没有写笔记了。

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APA分析的工具TAPIS，需要注意修改部分脚本，主要注意事项如下：

  1. 所依赖的python版本为2.7；
  2. fasta用非压缩文件时，需要修改代码；
  3. 所使用的samtools是老版本，我的版本是1.7.

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  1. 用python 2.7安装本软件，在做注释的时候注意时常切换python版本；

  2. 主脚本第79行，修改为：prefix = ‘cat ‘；

  3. 副脚本第44行修改为：
    cmd = “samtools sort -@ %d -m %dG -O BAM -o %s.bam %s” %(processors, memory, sorted_basename, bamfile)
    主脚本第125行：
    【不用修改，两个版本的用法没变】

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alignPacBio.py -p 64 -o ./$R $PWD/ ${S}_genome ${S}_genome.fa $PWD/RFSCS.collapsed.filtered.rep.fa

我一般比对使用的都是64线程（服务器线程是256）

run_tapis.py -o $R $S.gtf $R/aligned.bam

里面还有AS和noval gene的分析结果，可以和其他软件的做以下比较。

注：近期更新的日志多为调试版本（意思就是都是踩坑版，而且不一定趟到了所有坑）。