EVM基因注释整合

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看着周围的人一年一年nature,nature,看着自己一年一年光头,光头。
月影渐斜发渐稀
这半句话,似乎是年少时说的,现在却似乎成了真。
从劝人不要浮躁,到最后自己也变得浮躁。
突然,就不想写博客了。
所谓:无事勿扰,有事烧纸。
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问题描述:

  1. 有非常好的基因组组装结果,busco评估也惊人的高;
  2. 有比较ok的maker注释结果,busco评估和组装的差不多,但是没有到99%;
  3. 有较多的isoform测序结果,正在利用。

目的:
尝试做一个完美的注释。


以前没有那么多数据,也就没有办法做到完美。
死磕的话,似乎也不是特别划算。


抛开杂念,开始吧。
其实以前也用过EVM,当时的整合效果并不好。

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EVidenceModeler
conda install -c bioconda evidencemodeler
conda install -c bioconda/label/cf201901 evidencemodeler

按例子跑一下:
/abysw/app/miniconda3/envs/evm/opt/evidencemodeler-1.1.1/simple_example

Can’t locate URI/Escape.pm in @INC
conda update evidencemodeler

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然后是排序和重命名,了事。