【提示】本文写作命令为:abysw blog orthofinder打开文件数上限【 】有任何问题,欢迎来公众号交流学习!
【问题】打开文件数上限过少
【报错】ERROR: The system limits on the number of files a process can open is too low. For 58 species OrthoFinder needs to be able to open at least r=3464 files. Please increase the limit and restart OrthoFinder
解决方法:
- 临时方案:ulimit -n 3464
- 永久方案:(需要root)
修改文件:vi /etc/security/limits.conf
加入:
* soft nofile 10240
* hard nofile 10240
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